Thuế GTGT hoàn nhiều hơn số đầu kỳ

Mình cứ thắc mắc vấn đề này, k hiểu Thuế có sờ gáy k?
CTy mình thành lập T4/2008
Đầu tư xe cont, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đầu kỳ là: 41tr
Đến T12/2008 là: 43tr
Mặc dù CTy vẫn báo lãi năm 2008 là 15tr
Mình nghĩ số liệu này ổn vì Cty mình chi có 01 chiếc xe thôi
Nhưng đến T2/2009 thì thuế GTGT đựơc hoàn là 48tr
Sở dĩ như vầy là trong T1/2009 khách hàng chưa vận chuyển hết hàng nên yêu cầu xuất HĐ trong T2/2009 thuế VAT là 5%, trong khi đó cước v/c đường biển thì hàng hoá xuống tàu là hãng tàu xuất HĐ luôn nên thuế T1/2009 đầu vào là thuế 10%.
Mặt khác còn một số HĐ thuế đầu vào là 10% nũa như: HĐ nhiên liệu, Phí DO, VS, nâng hạ, lưu bãi mà cước vận chuyển thuế xuất chỉ cỏ 5% thôi.Tháng 2 CTy báo lãi 5tr. Thực ra thì mình cũng cân đối đầu ra và đầu vào nhưng vì những lí do trên mà mình cảm thấy k yên tâm.
Có lần Thuế bắt mình phải để lại các HĐ đầu vào để nộp thuế GTGT một tí ( tức là để thuế k âm) nhưng mình căm mãi k được vì HĐ đầu vào chỉ có gtri 3tháng, năm 2009 là 6th
Vậy theo các bạn có thấy k hợp lí ở điểm nào k?
Và các bác Thuế sẽ hỏi những gì trường hợp này
Mong các bậc tiền bối chỉ giúp.
Chân thành cảm ơn!