Kê khai thuế như thế nào với hóa đơn điều chỉnh giảm

Mình có một trường hợp này mong các anh chị và các bạn chỉ giúp.
Trong tháng 01 cty mình có xuất một hóa đơn GTGT bán dịch vụ (thuê kho bãi) cho một cty A theo hợp đồng (xuất hóa đơn trước 06 tháng), trị giá 2.000.000.000 đồng, nhưng đến tháng 05 vừa rồi giữa cty mình và cty A thực hiện thanh lý hợp đồng và căn cứ theo đó mình xuất hóa đơn đ/c giảm lại giá trị hóa đơn đã xuất trước đây.
Theo mình thì trong tháng 05 mình vẫn kê khai tờ hóa đơn Đ/C giảm này vào bảng kê hàng hóa dịch vụ bán ra bình thường nhưng ghi giá trị là số âm ( mình đã làm trường hợp này rất nhiều ở cty cũ và vẫn ok).
Nhưng ở cty này do trước đây chưa có kế toán nên thuê một cty làm dịch vụ kế toán làm sổ và ở trường hợp này trong tháng 05 vừa rồi họ lại kê tờ hóa đơn đó vào chỉ tiêu số [36]&[37] của tờ khai thuế và làm một bảng giải trình tờ khai thuế đo hóa đơn đó, họ không kê vào bảng kê hàng hóa dịch vụ bán ra.
Như vậy là họ làm có đúng không? và nếu không đúng thì trong tháng 06 này mình phải đ/c lại như thế nào?
mong mọi người chỉ giúp, cảm ơn rất nhiều.!