Mất hoá đơn GTGT giao cho khách hàng

Công ty tôi xuất hoá đơn GTGT cho khách hàng. Trong quá trình đi gửi hoá đơn cho khách, nhân viên sơ suất đã làm mất hoá đơn. Công ty tôi đã làm thủ tục trình báo với cơ quan thuế về việc mất hoá đơn và nộp phạt. Cơ quan thuế đã hướng dẫn CTy tôi sử lý vụ việc này như sau: Không được huỷ hoá đơn, vẫn kê khai nộp thuế bình thường, phô tô liên 1 hoá đơn kèm các giấy tờ liên quan đến hoá đơn mất (công văn, QĐ sử lý của thuế, biên lai nộp phạt...) để gửi cho khách hàng. Nhưng vấn đề ở chỗ khách hàng của tôi không chấp nhận hoá đơn như thế này (vì giá trị hợp đồng tương lớn lớn gần 100 triệu đồng), họ vẫn đòi hoá đơn đỏ. CTy tôi không thể xuất hoá đơn 1 lần nữa vì đã kê khai nộp thuế và đã nộp phạt rồi. ACE tư vấn cho tôi xem CTY tôi phải làm gì? Làm như CQ Thuế hướng dẫn có đúng không và khách hàng của tôi khi sử dụng hoá đơn phô tô đó để kê khai và hạch toán có vấn đề gì không