Thay đổi loại hình cty thì kê khai thuế như thế nào?

Chào các bác.
Các bác cho em hỏi cái này với ạ.
Công ty em thay đổi loại hình cty và giữa tháng 10 (từ cty TNHH sang công ty Cổ phần) và các thông tin khác không thay đổi.
Em đã tách riêng hoá đơn của cty TNHH ra làm tờ khai thuế riêng, hoá đơn cty Cổ phần ra riêng. Nhưng cơ quan thuế bảo em phải gặp trực tiếp trưởng phòng để hỏi (hôm nay TP vắng mặt nên hẹn em thứ hai mang đến) và anh ấy hướng dẫn em là gộp chung hoá đơn của 2 loại hình cty trong tháng lại và làm chung 1 tờ khai, thứ 2 mang cả 2 bản đến.
vậy các bác cho em hỏi em có thể gộp chung lại hay phải tách riêng ạ?