Chứng từ thanh toán đối với hàng hóa dịch vụ mua vào trên 20 triệu?

Cho em hỏi theo nghị định 123/2008/NĐ-CP, đối với các hóa đơn GTGT trên 20tr nhưng chưa có chứng từ thanh toán thì căn cứ vào hợp đồng và hóa đơn để kê khai khấu trừ thuế. Tuy nhiên, đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà vẫn chưa có chứng từ thanh toán thì không được khấu trừ và phải kê khai điều chỉnh, điều này làm tăng thuế GTGT phải nộp, theo hướng dẫn thì phải nộp thuế GTGT và chịu phạt nộp chậm tiền thuế. Hướng dẫn của cục thuế không chấp nhận phụ kiện hợp đồng gia hạn thời hạn thanh toán.

Nếu như vậy, chẳng thà công ty đợi chừng nào thanh toán với đối tác thì kê khai khấu trừ thuế, liệu như vậy có được không ? Và quá thời hạn 3 tháng thì có được khấu trừ không ?

Cám ơn./.