Thuế GTGT của hàng xữ huỷ

Ngày X Cty tui nhập khẩu một lô hàng, 30 ngày sau nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu theo đúng thông báo thuế của cơ quan hải quan và kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Do không bán được và hàng hết date nên ngày Y Cty tui phải xử huỷ một phần lô hàng (phần bán được đã xuất hoá đơn đầy đủ) - Việc xữ huỷ hàng theo đúng qui định của Nhà Nước.
Nay cơ quan thuế yêu cầu nộp lại thuế GTGT đã khấu trừ của số hàng xữ huỷ. Theo tui hiểu thì nguyên tắc cơ bản của thuế GTGT là đánh thuế trên GTGT của hàng hoá, nay hàng đã bị huỷ thì gia trị trở về 0 không phát sinh GTGT, như vậy sao lại bắt tui đóng thuế???
Cái này do Tổng Cục Thuế trả lời đàng hoàng như tui thấy chưa thông, các Bác giải thích thêm dùm với.